6 listopada, na południowym Atlantyku, w rejonie wyspy Św. Heleny statek został storpedowany przez niemiecką łódź podwodną U-68 (kapitan Karl-Friedrich Merten). Po tym jak "City of Cairo" został trafiony przez pierwszą torpedę, statek jeszcze utrzymywał się na wodzie. Kapitan wydał rozkaz, by ludzie zajmowali miejsca w szalupach ratunkowych. 10-20 minut później statek został trafiony drugą torpedą i tym razem "City of Cairo" skrył się w głębinach oceanu.

Podobno załoga łodzi podwodnej nie tylko obserwowała ratujących się ludzi, ale i pomagała Brytyjczykom. Później, gdy dowiedzieli się od członków załogi o nazwie statku, o ładunku i czy na pokładzie byli jeńcy wojenni, kapitan niemieckiej łodzi podwodnej wskazał ocalałym kierunek do najbliższego brzegu i pożegnał się słowami: "Dobranoc! I Przepraszam, że was zatopiliśmy". Rozbitkowie znajdowali się około 2000 mil od wybrzeży Brazylii, 1000 mil od Afryki i 500 mil od Świętej Heleny.
 

Po tym, jak Niemcy odpłynęli, kapitan Rogerson zaczął oceniać sytuację i liczyć straty. W wyniku zatonięcia statku zginęło 6 osób. Najrozsądniejszym pomysłem w sytuacji, w której znaleźli się rozbitkowie było płynąć do brzegów Świętej Heleny od której dzieliło ich 500 mil oceanu. Istniała jednakże obawa, że z jednym tylko ocalałym sekstansem i z nie w pełni sprawnymi łodziami mogą nie dotrzeć lub ominąć wyspę. Sześć łodzi wyruszyło w kierunku wyspy w nadziei na cud. W ciągu następnych trzech tygodni, łodzie rozdzieliły się.
 

Łódź nr 1 z 54 rozbitkami na pokładzie popłynęła przodem, ponieważ była w najszybsza, a zarazem w najgorszym stanie technicznym i zaczęła nabierać wody. Łodzie 5, 6 i 7 w sumie z 170 osobami na pokładach trzymały się najdłużej razem, aż do 19 listopada, kiedy to łódź nr 6 została nieznacznie z tyłu. To właśnie ona została wypatrzona tego samego dnia przez statek Clan Alpine, a niedługo później zostali podjęci na pokład także załoganci z łodzi nr 5 i 7.
Łodzie nr 4 i 8 z odpowiednio 17 i 55 osobami zostały z tyłu i im również przyszło się rozdzielić. 19 listopada łódź nr 8 została dostrzeżona przez SS Bendoran.
 

Najmniej szczęścia miały osoby na pokładach łodzi ratunkowych nr 1 i 4.

Łódź nr 4 ominęła wyspę Świętej Heleny i dowodzący załogą postanowić płynąć dalej na zachód do wybrzeży Ameryki Południowej. 27 grudnia 1942 roku, po 52 dniach spędzonych na Oceanie Atlantyckim, dwie ocalałe osoby podjął brazylijski statek Caravelas.
Łódź nr 1, mniej więcej w tym samym czasie, gdy ratowano załogi łodzie 5, 6, 7 i 8 straciła jedyne dwie osoby, które miały jakiekolwiek pojęcie o nawigacji. 12 grudnia 1942 roku, po 36 dniach na wodach Atlantyku, trzy ocalałe osoby zostały uratowane przez załogę statku Rhakotis.
 

Ogółem, spośród 296 osób, które znalazły się 6 listopada 1942 roku na 6 przeludnionych łodziach ratunkowych, przeżyło 201 osób. 89 osób zmarło na Atlantyku, 6 zmarło z wycieńczenia na pokładach statków, które odnalazły szalupy lub w szpitalu na wyspie Świętej Heleny.
 

Poszukiwania wraku "City of Cairo" trwały od końca wojny. W kwietniu 2015 roku ogłoszono, że wrak został zlokalizowany w 2011 roku. Do września 2013 r udało się wydobyć większą część zatopionych monet, o wartości 34 milionów funtów. Pieniądze uzyskane ze sprzedaży tego znaleziska, zgodnie z prawem morskim, zostały podzielone między Skarb Państwa Wielkiej Brytanii oraz ekipę Deep Ocean Search.